WP 1.2 - Haut-débit et technologies quantitatives

Workpackage leader: Eidgenössische Technische Hochschule Zürich, Pr. Uwe Sauer

WP 1.2 développera une technologie quantitative et globale :
Une nouvelle micro-puce à ADN baptisée « DNA tiling microarray » basée sur la technologie très avancée Affymetrix sera conçue pour les besoins spécifiques du projet comme la Chromatine Imuno-Precipitation sur puce d’ADN (ChIP-on-chip) et l’inventaire exhaustif et non biaisée des RNAs.
Microscopie à haut-débit permettant d’étudier l’expression du gène reporteur fluorescent au niveau de la cellule individuelle
Nouvelles stratégies non « gel-based » pour une séparation de protéines à haut débit permettant de quantifier les protéines à partir de morceaux de cellule et de caractériser les modifications post-translationnelles
Détermination quantitative de la concentration métabolite intracellulaire (métabolomique)
Adaptation de méthodes de flux « 13 C-labelling » intracellulaires à des analyses hautement parallèles
Dans le cadre de WP 1.2 nous construiront une « tiling microarray » d’ADN couvrant finement tout l’ensemble du chromosome de B subtilis. Le réseau sera utilisé dans des recherches exhaustives de nouvelles unités transrationnelles et de nouvelles séquences régulatrices dans les régions intergéniques. Le développement d’outils destinés à améliorer la recombinaison dans B. subtilis et les deux bactéries pathogènes sélectionnés dans ce programme est une partie intégrée a cette étude. Les technologies quantitatives principales qui soutiennent la biologie des systèmes sont celles de la Protémique, Métabolomique et Fluxomique, et la répartition et le déroulement des opérations d’analyse seront développés dans le cadre de WP 1.2.
Tandis que la base conceptuelle de ces méthodes à l’échelle du système est établie- et plusieurs des partenaires de ce consortium sont les principaux moteurs de technologie dans leur domaines d’expertise- l’accent est mis sur d’amélioration de leur applicabilité, leur pouvoir de résolution, leur débit, leur quantification et leur standardisation. En protémique par exemple, l’accent sera mis sur l’analyse qualitative et quantitative des protéines contenues dans des extraits de cellules, le déroulement des opérations étant orientable vers le haut débit. De même, de nombreux protocoles basés sur la spectrométrie seront développés pour l’analyse de métabolites et de flux à l’échelle du système.
Ensemble, WP 1.1 et WP 1.2 permettront au Pilier Biologie de faire pleinement usage de la technologie de « ChIP-on-chip » et d’étendre sont application, ainsi que celle de la technologie des « cell arrays », aux bactéries pathogènes Gram-positive. La conception de ces outils sera élaborée à travers une collaboration étroite entre les Piliers Biologie et Bioinformatique.