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Projet

BaSysBio a pour objectif de réaliser des percées majeures dans la compréhension de la régulation de la transcription de gène dans les bactéries à une échelle globale. La régulation dynamique de l’expression des gènes est contrôlée par des facteurs de transcription (TF) qui déclenchent ou répriment l'expression de leurs gènes cibles.
Le contrôle de la transcription s’intègre dans un flux hiérarchique d’information, du gène jusqu’au phénotype, au cours duquel beaucoup d'étapes régulatrices se produisent. BaSysBio adopte une approche de biologie systémique dans laquelle des données expérimentales quantitatives seront produites pour chaque étape de l'écoulement de l'information et alimenteront la modélisation informatique. Des technologies à haut débit (« living cell arrays », « tiling DNA microarrays », chromatographie protéomique multidimensionnelle en phase liquide et métabolomique quantitative) seront développées en même temps que de nouveaux concepts de modélisations informatiques afin de faciliter la compréhension de la complexité biologique.
Des modèles mathématiques simuleront les réponses de transcription cellulaire aux changements environnementaux ainsi que leur impact sur le métabolisme et la dynamique du protéome. Le processus itératif des simulations et des expériences ciblées basées sur ces modèles génèrera de nouvelles hypothèses sur la nature des mécanismes des réponses cellulaires dynamiques, révèlera les propriétés de systèmes émergents et finalement fournira un guide efficace pour aborder l’étude de nouveaux organismes pathogènes.
Cette stratégie d’approche systémique permettra à BaSysBio : 
De comprendre comment le métabolisme et la régulation de la transcription sont intégrés quantitativement à l’échelle globale
De révéler les réponses de transcription cellulaire dans des conditions imitant la pathogénèse. 
Enfin, le projet validera l’applicabilité générale des connaissances et de la stratégie intégrée de modélisation expérimentale développée chez la bactérie modèle B subtilis, vers la compréhension des réseaux régulateursqui contrôlent la pathogénèse dans des bactéries responsables de maladies. BaSysBio apportera une importante contribution aux études visant à surmonter les obstacles structurels entravant le développement de la biologie systémique en Europe. 

Pays impliqués dans le projet BaSysBio (carte)