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WP 3.1 - Bioinformatique

Leader : Benno Schwikowski

Workpackage leader: Institut Pasteur, Dr. Benno Schwikowski

Le “work-package” de bioinformatique développera des stratégies de calcul afin de faciliter la conception d’expériences à grande échelle dans le cadre du Pilier Technologie, d’analyser les différents types de données expérimentales générées dans le cadre du Pilier Biologie et d’intégrer les résultats expérimentaux avec les connaissances actuelles et les prédictions fonctionnelles (basées sur la génomique comparative) pour alimenter les besoins de la modélisation. WP3.1 :
Etablira des listes de priorité de facteurs de transcription et de régions intergéniques contenant des promoteurs pour la construction de « cell array » et le marquage de facteurs de transcription dans le cadre de WP1.1 ;
Personnalisera la conception du « DNA tiling array » pour les besoins spécifiques du projet en collaboration avec WP1.2
Développera des outils pour améliorer les analyses d’expériences à grande échelle réalisées dans le cadre de WP2.1, 2.2 et 2.3 (« living cell array », « tiling DNA microarray », protéomique et métabolomique à haut débit)
Développera des méthodes d’identification basée sur des données de sous-systèmes cellulaires (relativement) indépendants afin de permettre la modularisation du développement de modèles dans le cadre de WP 3.2.