Recherche avancée

      English Version

WP 2.3 - Application à des agents pathogènes

Leader : Tarek Msadek

Workpackage leader: Institut Pasteur, Dr. Tarek Msadek

WP2.3 validera l’applicabilité générale des approches théoriques-expérimentales développées dans l’organisme-modèle B subtilis à travers leur application aux pathogènes Gram-positifs Staphylococcus aureus et Bacillus anthracis. Des modèles développés dans le cadre de WP3.2 sur la base du « prototype » B subtilis seront utilisés pour concevoir et réaliser une série d’expériences très spécifiques (c.à.d. la caractérisation de certains régulons, les modifications génétiques ciblées) dont les résultats seront utilisés pour caractériser de façon plus efficace le fonctionnement des réseaux de régulation contrôlant la pathogénèse de ces souches. Ceci impliquera :
L’analyse du transcriptome, protéome et métabolome de S. aureus et B. anthracis cultivés in vitro en condition standardisées de limitation en fer et de stress oxydatif ;
Générer des souches mutantes de S. aureus et B. anthracis affectées au niveau des régulateurs dont nous savons, ou prévoyons, qu’ils soient impliqués dans le contrôle de virulence, y compris des systèmes régulateurs en partie conservés dans B subtilisqui ont été analysés dans le cadre de WP2.1 et WP2.2. Les outils existant, ainsi que les outils développés dans le cadre de WP1.1, seront utilisés à mesure qu’ils deviennent disponibles ;
L’analyse du transcriptome, protéome et métabolome de S. aureus et B. anthracis mutants cultivés in vitro en condition standardisées de limitation en fer et de stress oxydatif ;
Déterminer les réponses pathogènes, y compris les souches mutantes régulatrices exposées à des cultures de cellules telles que des macrophages et des cellules épithéliales, et comparer ces réponses à celles obtenues sous conditions standardisées.
En collaboration étroite avec le Pilier Informatique (WP3.1 & WP3.2), WP2.1 et WP2.2 contribueront à établir une stratégie générique d’approches expérimentales et de modélisation intégrées, qui, dans le but de valider l’applicabilité générale de la stratégie, sera ensuite appliquée aux agents pathogènes Gram-positifs dans le cadre de WP2.3. Toutes les activités décrites dans Pilier Biologie impliqueront la réalisation des expériences nécessaires pour établir ou valider les méthodes et les modèles informatiques.