Institut national de la recherche agronomique (INRA)
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Location : Jouy-en-Josas / F |
| Leader : Philippe Noirot | |
| Website : www.inra.fr |
- Description de l’institution :
L’INRA s’est constitué un portfolio de connaissances scientifiques et de compétences principalement dans le domaine des sciences de la vie, mais également en sciences économiques et sociales, mathématiques et informatique appliqué, sciences de l’environnement et sciences de l’alimentation. Les recherches menées par l’INRA sont en interaction étroite avec la société et visent à assurer le bien public. En tant que premier institut de recherche agricole en Europe, l’INRA a pour objectif de jouer un rôle majeur dans la mise en commun des ressources et dans la construction de l’espace européen de la recherche scientifique (« European ResearchArea »). Dans une agence de recherche du secteur publique orientée sur des missions, il est nécessaire de maitriser et d’explorer les dernières avancées de la biologie utilisant des approches et des modélisations à haut débit à différentes échelles des sciences de la vie, afin de d’apporter une contribution importante et fondamentale dans le but d’améliorer notre compréhension des systèmes.
- Descriptions des différentes unités impliquées dans le projet :
Le laboratoire de Génétique Microbienne (GM) possède une expertise largement reconnue dans le domaine du métabolisme de l’ADN bactérien. Il est un des leaders dans le domaine de la génomique comparative et fonctionnelle des bactéries Gram-positives. Le groupe dirigé par Dr P. Noirotexerce son activité dans le domaine de l’interactomique en utilisant un outil génétique développé chez la levure appelé « two-hybrid » ainsi que dans l’analyse fonctionnelle de la dynamique du chromosome. Au sein du groupe, O .Delumeau et F. Lecointe étudient l’assemblage et le remodelage de machines multi-protéiques, et possèdent également une expertise solide dans le domaine des purifications par « tandem-affinity » des complexes. Le groupe possède également une expertise dans le domaine des interactions phage/bacteriumdans les bactéries Gram-positives, et étudie les systèmes de recombinaison homologues codés par les phages.
The laboratoire de Mathématiques, Informatique et Génomes (MIG) possède une expertise largement reconnue dans le développement de méthodes informatiques pour l’annotation des génomes, la détection de gènes et des motifs, les approches comparatives de génomique et les analyses du transcriptome et protéome. Le groupe dirigé par Dr. P. Bessières a créé plusieurs bases de données (Micado, SPiD) et a également conçu des bases de données intégrées et des interphases dédiées principalement à l’analyse des génomes bactériens. Le groupe dirigé par Dr. V. Fromion poosède une expertise dans la modélisation dynamique et les simulations informatiques des processus cellulaires.
Le laboratoire de Microbiologie et de Génétique Moléculaire (MGM) possède une expertise largement reconnue dans le domaine du métabolisme central du carbone, et sur la caractérisation biochimique et structurale des régulateurs transcriptionnels. Le groupe dirigé par Dr S. Aymerich étudie les régulations transcriptionnelleset métaboliques, et est à l’origine de la découverte de deux nouveaux régulateurs clés du métabolisme central du carbone.
- Personnes principales impliquées dans BaSysBio :
Dr. Philippe Noirot
(INRA, coordinateur de BaSysBio, directeur du laboratoire de GM) : Interactomes bactériens pour expliquer les liens fonctionnels entre les différents processus cellulaires
Dr. Stéphane Aymerich
(INRA, directeur du département de Microbiologie de l’INRA, laboratoire MGM) : réseaux de régulation du métabolisme central du carbone
Dr. Philippe Bessières
(INRA, co-fondateur du laboratoire MIG) : intégration de données, extraction automatisée de connaissances biologiques, et biologie informatique
Dr. Elena Bidnenko
(INRA, laboratoire GM) : interactions phage/bactérie, et systèmes de recombinaison homologue « phage-encoded »
Dr Vincent Fromion
(INRA, laboratoire MIG) : modélisation informatique des voies métaboliques et logique de contrôle
Dr O. Delumeau et F. Lecointe
(CNRS, laboratoire GM) : assemblage et remodelage de machines multi-protéiques au sein de la réplication bactérienne, purification « tandem-affinity » de complexes multi-protéiques
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